Le dispositif des CEE fonctionne par périodes : les quotas individuels d’énergie à économiser sous forme de certificats sont distribués à chacun pour une période de trois ans.
Les enveloppes et le calendrier sont fixés par décret. Au fil du déploiement du dispositif, se sont insérées des « périodes transitoires » au cours desquelles les obligés peuvent poursuivre leurs actions et déduire les Certificats d’Economies d’Energie correspondants de leur quota pour la période suivante. En fin de période, les vendeurs d’énergie obligés doivent justifier de l’accomplissement de leurs obligations par la détention d’un montant de certificats équivalent.
La première période : du 1er juillet 2006 au 30 juin 2009
L’objectif national d’économies d’énergie était alors de 54 milliards de kilowattheures cumac (54 TWh cumac) pour l’ensemble des obligés. Durant cette période, étaient obligés, au-delà d’un certain seuil de vente annuelle en GWh, les fournisseurs d’électricité, de gaz, de GPL et de chaleur ou de froid par réseaux. S’agissant des vendeurs de fioul domestique, ceux-ci étaient soumis à des obligations d’économies d’énergie, dès le premier litre de fioul vendu. Deux obligés portaient les trois quarts de l’obligation : EDF et GDF Suez.
L’objectif national de 54 TWh a été réparti, dans un premier temps, entre les différentes énergies en fonction de leur poids dans la consommation nationale et de leur prix TTC, puis, dans un second temps, pour chaque énergie, entre les vendeurs au prorata de leurs ventes respectives, pour les années 2004 à 2006, aux ménages et aux entreprises du secteur tertiaire.
A l’expiration de la première période, le 1er juillet 2009, l’objectif a été dépassé : des économies d’énergie avaient été certifiées pour un volume de 65,3 TWh.
La deuxième période : du 1er janvier 2011 au 31 décembre 2013
A l’issue de la première période a débuté une période transitoire, le temps pour les acteurs politiques de voter la loi organisant la deuxième période : la loi du 12 juillet 2010, dite Grenelle 2, dont le décret d’application (n° 2010-1664) date du 29 décembre 2010. Cette période transitoire a permis d’engranger 110 TWh de certificats. La deuxième période, elle, a retenu une enveloppe globale de 345 TWh cumac, c’est-à -dire un montant entre six et sept fois plus élevé qu’en première période.
Mais il faut dire que de nouveaux obligés ont fait leur entrée dans le dispositif : les vendeurs de carburants automobiles, qui à eux seuls ont reçu 90 TWh de quotas. Dans le même temps, n’est plus éligible qui veut : seules les collectivités publiques, l’Agence nationale pour l’habitat (ANAH) et les bailleurs sociaux peuvent prendre part au dispositif, et encore : en montant des projets totalisant au minimum 20 GWh.
A la fin de la période, ou plus exactement le 31 janvier 2014 (soit un mois après), l’administration faisait état de 481 TWh cumac économisés sous forme de Certificats d’Economies d’Energie depuis le début du dispositif des CEE, première période comprise. Ce qui fait de la deuxième période un succès, avec 416,4 TWh cumac économisés. En effet, c’est 71 TWh cumac de plus que l’objectif. S’ajoute à cette enveloppe les CEE engrangés pendant la période transitoire qui couvre toute l’année 2014, et qui selon les calculs de l’administration, atteindront 230 TWh cumac.
La troisième période : du 1er janvier 2015 au 31 décembre 2017
Fin 2013, Philippe Martin, alors ministre de l’Ecologie, du Développement durable et de l’Energie, a annoncé l’objectif retenu pour la troisième période : 660 TWh cumac, soit 220 TWh cumac par an. Cela représente un quasi-doublement de l’ambition de la deuxième période (345 TWh cumac), mais en sera déduit le surplus de CEE engrangés au terme de la période transitoire courant jusqu’à fin 2014. Cet objectif sera réparti équitablement entre les vendeurs d’énergie sur la base du prix TTC des énergies (à hauteur de 75 %) et des volumes de ventes en kWh (à hauteur de 25 %). Le décret d’application est attendu pour l’été 2014. Il devrait prévoir une sous-enveloppe réservée à des programmes clés-en-mains comme le passeport rénovation et un fonds de garantie. L’évaluation des gisements technico-économiques réalisée par l’Ademe donnait une enveloppe supérieure, de 900 TWh cumac, mais qui reste contestée par certains acteurs.